Setelah Sultan Alauddin Mughayat Shah (Sultan Perak ke 12) mangkat pada tahun 1728, adinda Sultan Perak ke 12 iaitu Raja Muda Raja Inu telah diangkat menjadi Sultan Perak ke 13 dengan gelaran Sultan Muzaffar Shah III.
Setelah diangkat menjadi Sultan Perak, baginda bersemayam di Berahman Indera yang kini dikenali sebagai Bota Kanan. Adinda kepada Sultan Muzaffar Shah III iaitu Raja Bisnu pula diangkat menjadi Yang Dipertuan Muda (Sultan Muda) dengan gelaran Yang Dipertuan Muda Muhammad Shah.
Yang Dipertuan Muda Muhammad Shah bersemayam di Pulau Tiga mempunyai 4 orang putera iaitu Raja Iskandar, Raja Kimas, Raja Alauddin dan Raja Bongsu.
Sewaktu zaman pemerintahan Sultan Muzaffar Shah III, orang Bugis yang diketuai oleh Daing Celak (Yamtuan Riau yang kedua) bersama-sama dengan orang Bugis dari Selangor telah datang menyerang negeri Perak dalam tahun 1742.
Dalam masa yang sama, Sultan Muzaffar Shah III punyai masalah berselisihan faham dengan adinda baginda Yang Dipertuan Muda Muhammad Shah. Orang Bugis mengambil kesempatan atas perselisihan itu dengan menyokong serta menyebelahi Yang Dipertuan Muda Muhammad Shah.
Dengan permuafakatan antara orang Bugis dengan Yang Dipertuan Muda Muhammad Shah yang telah terjalin, Yang Dipertuan Muda Muhammad Shah telah diangkat menjadi Sultan Perak dengan gelaran Sultan Muhammad Shah.
Inilah buat kali pertama berlaku dalam sejarah negeri Perak apabila terdapat dua orang sultan yang memerintah negeri Perak pada satu masa yang sama. Hal ini telah menyebabkan kuasa kesultanan negeri Perak telah berpecah dua. Boleh rujuk artikel Perak Pernah Punyai 2 Sultan Dalam Pertengahan Abad Ke 18 untuk penceritaan lebih lanjut.
Menurut rekod penceritaan dalam buku Misa Melayu, Sultan Muzaffar Shah III yang bersemayam di Berahman Indera telah berpindah ke Kuala Kangsar setelah berselisihan faham dengan adinda baginda.
Sewaktu di Kuala Kangsar, baginda Sultan Muzaffar Shah telah menaikkan pangkat “Orang Besar Empat” baginda iaitu Raja Alang menjadi Bendahara, Megat Pintal menjadi Orang Kaya Besar, Megat Mu’tabar menjadi Temenggung dan Pakih Yusuf menjadi menteri.
Orang besar-besar Perak yang tinggal di Pulau Tiga pula telah mengangkat Yang Dipertuan Muda Muhammad Shah menjadi sultan dengan gelaran Sultan Muhammad Shah. Pada waktu itu, negeri Perak punyai dua orang sultan.
Sewaktu negeri Perak punyai dua orang sultan pemerintah, dari satu tempat yang bernama Pachat ke hulu (utara) adalah dibawah pemerintah Sultan Muzaffar Shah manakala dari Pachat ke hilir (selatan) hingga ke Kuala Perak dibawah pemerintahan Sultan Muhammad Shah.
Perselisihan faham antara dua orang anak gahara ini tidak berpanjangan. Sultan Muhammad Shah sendiri kemudian telah mencadangkan kepada kandanya untuk berdamai. Setelah berdamai, Sultan Muhammad Shah tidak lagi memakai gelaran sultan dan kembali menggunakan gelaran Yang Dipertuan Muda.
Sultan Muzaffar Shah III kemudian telah berkenan untuk mengangkat Raja Iskandar (anakanda kepada Sultan Muhammad Shah) untuk menjadi Raja Muda dan segala hal pentadbiran kerajaan negeri Perak diserahkan kepada Raja Muda Iskandar.
Tidak lama kemudian, Raja Muda Iskandar dikahwinkan dengan puteri Sultan Muzaffar Shah III yang bernama Raja Budak Rasul. Adinda kepada Raja Muda Iskandar yang bernama Raja Kimas pula telah diangkat menjadi Raja Kecil Muda.
Setelah Sultan Muzaffar Shah III kembali ke Berahman Indera, baginda telah mengangkat “Orang Besar Empat” yang baru untuk menggantikan orang besar-besar yang telah dilantik baginda di Kuala Kangsar sebelum ini.
Mereka yang baru dilantik adalah Megat Pendia menjadi Bendahara dengan gelaran Bendahara Oaduka Seri Maharaja, Tan Marasin menjadi Orang Kaya Besar dengan gelaran Orang Kaya Besar Seri Maharaja Diraja, Tan Bantan menjadi Temenggung dengan gelaran Temenggung Paduka Raja dan Sharif Husain menjadi menteri dengan gelaran Orang Kaya Menteri Seri Paduka Tuan.
Sewaktu zaman pemerintahan Sultan Muzaffar Shah III dalam tahun 1743, seorang Raja Bugis bernama Daing Selaili dengan gelaran Haji Besar telah datang melawan perompak dan lanun yang berada di sekitar Pulau Sembilan, Perak.
Hasil bantuan daripada Daing Selaili itu kemudian beliau telah dikahwinkan dengan adinda baginda Sultan Muzaffar Shah III iaitu Raja Tengah. Daing Selaili kemudian telah dilantik menjadi mufti di negeri Perak.
Daeng Selaili kemudian juga telah dijadikan sebagai orang besar Perak dengan gelaran Maharaja Lela Tan Tela Putera Pancung Tak Bertanya dan dijadikan sebagai pengawal peribadi kepada Sultan Perak. Tidak seperti orang besar yang lain, Daeng Selaili telah diberikan kuasa boleh memancung sesiapa sahaja yang bersalah kepada sultan dengan tanpa meminta izin terlebih dahulu daripada sultan.
Dalam rekod buku Misa Melayu juga ada menceritakan sewaktu zaman pemerintahan Sultan Muzaffar Shah III yang mana Sultan Berkabat Anak Raja Kecil Minangkabau bersama-sama dengan raja-raja Bugis yang bernama Daing Matkah dan Daing Celak telah datang melanggar Bukit Gantang di negeri Perak.
Namun mereka yang datang menyerang Bukit Gantang telah dikalahkan oleh orang Perak dengan pimpinan Raja Muda Iskandar, Raja Kecil Muda dan Bendahara Megat Pendia.
Setelah memerintah negeri Perak selama 26 tahun, Sultan Muzaffar Shah III telah mangkat di Berahman Indera (Bota Kanan) dalam tahun 1756 dan telah dimakamkan disana dengan gelaran Marhum Haji Allah.
