Setelah mangkatnya Sultan Muzaffar Shah II dalam tahun 1653, putera baginda yang bernama Raja Mahmud telah diangkat menjadi Sultan Perak yang ke 11 dengan gelaran Sultan Mahmud Iskandar Shah yang bersemayam di Geronggong.
Oleh kerana Sultan Mahmud Iskandar Shah tidak punyai putera, adinda baginda iaitu Raja Mansur yang bersemayam di Pulau Tiga telah diangkat menjadi Sultan Muda dan dikenali sebagai Yang Dipertuan Muda Mansur Shah. Yang Dipertuan Muda Mansur Shah mempunyai 6 orang putera iaitu Raja Radin, Raja Inu, Raja Bisnu, Raja Daha, Raja Abdul Hamid dan Raja Su.
Yang Dipertuan Muda Mansur Shah telah mangkat di Pulau Tiga terlebih dahulu daripada kekandanya sewaktu zaman pemerintahan Sultan Mahmud Iskandar Shah sebagai Sultan Perak ke 11 di Pulau Tiga dan marhum telah menerima gelaran Marhum Mangkat di Pulau Tiga.
Dalam bulan Desember 1653, Joan Truijtman telah datang kembali ke negeri Perak dan kemudian telah buat perjanjian dengan kerajaan negeri Perak. Syarat dalam perjanjian yang telah dibuat oleh Joan Truijtman dengan Almarhum Sultan Muzaffar Shah II juga telah digunapakai untuk perjanjian kali ini.
Perjanjian tersebut ada membicarakan tentang syarat untuk kerajaan negeri Perak akan memberikan tanah kepada pihak Belanda untuk mendirikan loji atau gudang untuk mereka berniaga. Kompeni Belanda juga diberikan hak untuk memborong timah di negeri Perak dengan harga serta cukai yang telah ditetapkan.
Pihak kerajaan negeri Perak juga diminta untuk membayar segala ganti rugi yang dihadapi oleh pihak Belanda sewaktu diserang oleh orang-orang Melayu dalam tahun 1651 sewaktu zaman pemerintahan Sultan Muzaffar Shah II (Sultan Perak ke 10).
Perjanjian yang dibuat dalam tahun 1653 ini kemudian tidak berapa dipegang oleh kerajaan negeri Perak telah menyebabkan kompeni Belanda datang kembali untuk buat perjanjian yang ke 3 dengan kerajaan negeri Perak yang mana syarat-syarat dan permintaan hampir lebih kurang sama dengan perjanjian yang sebelumnya.
Walaupun perjanjian baru telah dibuat, kerajaan negeri Perak tetap tidak memandang berat dengan perjanjian tersebut. Hasil timah dari negeri Perak telah banyak dihantar ke negeri Acheh daripada dijual kepada pihak Belanda. Ekoran daripada itu, ramai juga orang-orang Perak yang menyeludup timah keluar untuk dijual kepada bangsa lain.
Disebabkan hal-hal sedemikian telah terjadi dan tidak mengikuti perjanjian yang telah ditetapkan, pihak Belanda akhirnya meninggalkan loji mereka di negeri Perak. Antara kesan daripada hal ini, pihak Belanda mula menyekat kapal-kapal bangsa lain yang hendak datang berniaga ke negeri Perak dan Acheh.
Tidak cukup dengan itu, pihak Belanda juga akan merampas apa sahaja barang dagangan dari kapal bangsa lain yang ditemui oleh mereka di sepanjang perairan antara negeri Perak dan negeri Acheh. Tindakan yang dilakukan oleh pihak Belanda ini telah menakutkan pedagang dari luar untuk masuk berdagang ke negeri Perak dan Acheh.
Untuk menamatkan persengketaan yang telah berlaku antara negeri Perak dengan pihak Belanda ini, satu perjanjian damai telah dibuat oleh kerajaan Acheh dengan Kompeni Belanda dalam tahun 1659. Selepas perjanjian damai tersebut, pihak Belanda mula kembali membeli timah di negeri Perak.
Menurut perjanjian tersebut, hanya Acheh dan Belanda sahaja yang dibenarkan untuk membeli hasil timah di negeri Perak. Namun berlaku lagi kes-kes penyeludupan hasil timah oleh orang-orang Perak kepada pedagang bangsa lain kerana harga belian yang ditetapkan oleh Kompeni Belanda untuk membeli hasil timah tidak lumayan.
Sekali lagi pihak Belanda telah menutup loji mereka di negeri Perak pada akhir tahun 1663 kerana permusuhan dan pergaduhan yang selalu berbangkit dengan orang-orang Melayu di negeri Perak. Pihak Belanda kemudian terus menyekat kapal-kapal pedagang bangsa lain yang hendak membeli timah di negeri Perak.
Setelah dua tahun lamanya loji Belanda di negeri Perak tidak digunakan, kemudian dalam tahun 1665, Kompeni Belanda kembali semula ke negeri Perak dan membuka loji mereka. Kedatangan Belanda kali ini menyebabkan negeri Perak dikawal ketat oleh angkatan kapal perang Belanda di kuala sungai Perak.
Dalam tahun 1670, pihak kuasa Kompeni Belanda di Betawi telah mengarahkan orang-orang besar Kompeni Belanda di Melaka untuk pergi mengambil Pulau Pangkor dan membina sebuah gudang yang dibuat daripada kayu kerana khuatir pulau tersebut akan diambil oleh orang-orang Inggeris.
Berlaku beberapa serangan yang telah dibuat oleh orang-orang Melayu terhadap kapal-kapal Belanda yang sedang belayar di laut dan sungai negeri Perak. Oleh yang demikian, pihak Belanda telah tingkatkan kawalan mereka disepanjang pantai dan sungai negeri Perak.
Dalam tahun 1678, seramai 59 orang Belanda telah bertugas untuk mengawal pantai laut di negeri Perak. Dua tahun kemudian iaitu dalam bulan Februari 1680, Sultan Mahmud Iskandar Shah telah menghantar orang besar-besar baginda sebagai utusan ke Melaka untuk menyatakan persahabatan baginda dengan Kompeni Belanda.
Baginda Sultan Perak kemudian telah mengurniakan surat kuasa kepada seorang ketua Belanda (Adriaen Wylant) yang tinggal di kuala sungai Perak dalam bulan April 1680 kerana atas permintaan Gabenor Belanda di Melaka. Surat kuasa tersebut membicarakan tentang memberi kuasa untuk menangkan dan memenjarakan sesiapa sahaja yang keluar dari negeri Perak dengan hasil timah dengan tanpa surat kebenaran dan jika orang tersebut melawan, ia boleh dikorbankan.
Dalam tahun 1680 juga, kebanyakan gudang-gudang Belanda di Pulau Pangkor telah digantikan dengan batu. Kesan daripada surat kuasa yang diberikan oleh Sultan Mahmud Iskandar Shah kepada Belanda telah menyebabkan kawalan yang cukup keras dilakukan oleh pihak Belanda mengawal negeri Perak sehinggakan perniagaan Kompeni Belanda semakin merosot dalam tahun 1682.
Pada tahun 1690, sekumpulan orang-orang Melayu yang diketuai oleh panglima Kulub telah datang menyerang Kota Belanda di Pulau Pangkor. Keadaan tersebut telah menyebabkan banyak nyawa orang Belanda yang tergadai dan kota tersebut kemudian ditinggalkan oleh orang-orang Belanda sehingga tahun 1745.
Pada awal abad ke 18, kerajaan negeri Perak bukan lagi berada di bawah naungan kerajaan Acheh. Hal ini adalah kerajaan negeri Acheh semakin lemah kerana negeri tersebut telah diperintah oleh raja perempuan sebanyak 4 kali berturut-turut sejak dari tahun 1641.
Sultan Mahmud Iskandar Shah telah memerintah negeri Perak selama 67 tahun. Baginda telah mangkat dalam tahun 1720 sewaktu berusia 120 tahun dan telah dimakamkan di Geronggong. Sultan Mahmud Iskandar Shah adalah merupakan sultan yang paling lama memerintah negeri Perak sejak ditabal ketika umur 53 tahun dari sultan-sultan Perak yang lain.
- Sejarah Perak, Buyung Adil, m/s 21
