Dalam tahum 1594, setelah Sultan Tajul Ariffin mangkat dengan gelaran Marhum Mangkat di Tebing, Raja Ali yang merupakan cucu kepada almarhum Sultan Ahmad Tajuddin Shah telah diangkat menjadi Sultan Perak yang ke 5.
Baginda telah menaiki takhta negeri Perak dengan memakai gelaran Sultan Alauddin Shah (Sultan Perak ke 5) dan telah bersemayam di tepi sungai di kawasan yang kini dikenali dengan nama Bota Kanan.
Sultan Alauddin Shah telah memerintah negeri Perak kira-kira selama sembilan tahun sejak dari tahun 1594 sehingga tahun 1603 dan baginda digelar sebagai Marhum Mangkat di Darat.
Pusat pemerintah baginda Almarhum Sultan Alauddin Shah terletak di Bota dan sewaktu dalam pemerintahan baginda, Acheh masih lagi menempatkan beberapa Orang-orang Besar Acheh untuk mengawasi dan mentadbirkan Negeri Perak.
Baginda Sultan Alauddin mangkat dalam tahun 1603 dan bergelar Marhum Mangkat Di Darat. Asalnya, baginda dimakamkan di tepi Sungai Perak di hujung Pulau Bota.
Oleh kerana makam tersebut hampir rebah ke dalam sungai, maka makam Sultan Alauddin Shah telah dipindahkan ke belakang dertan kedai di pekan Bota Kanan.
Lokasi makam baginda almarhum Sultan Alauddin Shah terletak di dalam pekan Bota Kanan dan berdekatan dengan makam Almarhum Sultan Ahmaddin Shah (Sultan Perak ke 18).
Tidak banyak maklumat yang boleh didapati berkenaan dengan Almarhum Sultan Alauddin Shah sewaktu zaman pemerintahan baginda sebagai Sultan Perak ke 5 kerana kekurangan bahan dokumentasi yang boleh dirujuk.