Sejarah Majlis Raja-Raja bermula dengan penubuhan Majlis Raja-Raja Melayu bagi Negeri-Negeri Melayu Bersekutu. Pada 1 Julai 1896, Negeri-negeri Melayu Bersekutu yang terdiri daripada Negeri Perak, Selangor, Negeri Sembilan dan Pahang telah ditubuhkan. Sehubungan dengan itu, satu Majlis Raja-Raja Melayu bagi Negeri-Negeri Melayu Bersekutu telah ditubuhkan untuk membincangkan hal-ehwal dan kepentingan bersama dengan Pemerintah Inggeris.
Mesyuarat Pertama Majlis Raja-Raja Negeri Melayu Bersekutu, atau lebih dikenali sebagai Mesyuarat Durbar telah diadakan pada 13 hingga 17 Julai 1897 di Istana Negara, Kuala Kangsar, Perak. Perkataan Durbar itu timbul daripada perkataan asal Urdu dan Parsi iaitu Darbar yang membawa maksud istana raja. Durbar juga bermaksud perjumpaan atau persidangan umum yang diadakan oleh Raja-Raja ataupun gabenor atau Pegawai Diraja British di India pada masa dahulu.
Raja-Raja Melayu yang hadir dalam mesyuarat Durbar tersebut ialah DYMM Sultan Idris Murshidul Aadzam Shah (Sultan Negeri Perak), DYMM Sultan Abdul Samad (Sultan Negeri Selangor), DYMM Tuanku Muhammad (Yang Di-Pertuan Besar Negeri Sembilan) dan DYMM Sultan Ahmad (Sultan Negeri Pahang).
Pihak Inggeris pula diwakili oleh Sir Charles Mitchell, Gabenor Negeri-Negeri Selat dan Pesuruhjaya Tinggi Negeri-Negeri Melayu Bersekutu, Sir Frank Swettenham sebagai pengerusi mesyuarat, Residen Jeneral Negeri-Negeri Melayu Bersekutu, Hugh Clifford, Residen Inggeris di Pahang, J.P Rodgers, Residen Inggeris di Selangor dan W.H. Treacher, Residen Inggeris di Perak. Untuk pengetahuan anda, mesyuarat Durbar telah diadakan sebanyak 9 kali hingga kali terakhir yang pernah diadakan pada tahun 1939.
Apabila Persekutuan Tanah Melayu ditubuhkan dalam tahun 1948, keahliannya ditambah dengan kemasukan Negeri-negeri Melayu Tidak Bersekutu iaitu Negeri Johor, Kedah, Perlis, Kelantan dan Terengganu. Namanya juga telah dipendekkan menjadi Majlis-Raja-Raja. Mesyuarat pertama bagi tempoh ini telah diadakan pada 18 Februari 1948 di Kuala Lumpur dan telah dipengerusikan oleh DYMM Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar, Sultan Johor. Pihak Inggeris diwakili oleh Pesuruhjaya Tinggi Persekutuan Tanah Melayu. Antara Februari 1948 hingga Ogos 1957 mesyuarat Majlis Raja-Raja telah diadakan sebanyak 50 kali.
Selepas Persekutuan Tanah Melayu mencapai kemerdekaannya, negeri Melaka dan Pulau Pinang turut menjadi ahli dan ini diikuti pula oleh Sabah, Sarawak dan Singapura pada tahun 1963 hingga 1965 apabila Malaysia ditubuhkan pada tahun 1963.
Mesyuarat Majlis Raja-Raja yang pertama selepas merdeka telah diadakan pada 30 dan 31 Oktober 1957 dan dipengerusikan oleh Raja Perlis. Mesyuarat Majlis Raja-raja ke 25 pula diadakan pada 15 hingga 16 Oktober 2008 di Terengganu.